此次公布的100个按病种收费标准中，涉及神经系统疾病、鼻咽喉疾病等14大类，包括糖尿病、老年性白内障、颈椎病等100个病种。其中，扁桃体切除术三级医院最高收费标准为3400元，二级医院最高收费为2500元；单胎顺产接生三级医院最高收费2400元，二级医院最高收费2000元。
标准规定，医院不得在病种费用标准外另行收费，不得将入院后的检查检验费用转为门诊收费。对患者要求进行的不在确诊病种临床路径内或与确诊病种无关的检查，及选择单人间、套间等特需病房，其床位费超出B类三人间病房标准的部分，均不计入病种收费标准，由患者全额承担。
物价部门要求，凡接诊符合临床路径准入条件的疾病，以及患者同时具有其他疾病诊断，但在住院期间不需要特殊处理也不影响第一诊断的，应纳入按病种收费范围。病人在治疗过程中因出现合并症、并发症或患者病情较重等特殊原因，导致实际发生医疗费用明显偏离病种收费标准的病例，医疗机构可退出按病种收费管理程序，仍按原项目收费方式结算，退出按病种收费应及时办理退出手续并告知患者。
此外，标准将按病种付费纳入城镇职工（居民）基本医疗保险单病种住院医疗费用限额结算范围。要求医保、新农合付费标准可结合收费病种，综合考虑医保、新农合统筹基金承受能力和参保人员负担水平等因素合理确定，保障参保人员自付水平不增加或降低。
